社伝によれば、地主神社の創建年代は、日本の建国以前とされていて、 あまりに古いので、その歴史は明らかではありません。近年の研究で、本殿前の「恋占いの石」が実は縄文時代のものであることがわかりました。
地主神社の辺りは、大昔は「名勝蓬莱山（宝来山）」と呼ばれていて、 不老長寿の霊山だったようです。 京都盆地が湖であった古代、この蓬莱山は島でした。
地主神社は清水寺の一角にあります。ちょうど清水の舞台の後ろ側に位置する為、なんとなく見落としがちですが、超有名な「縁結び」の神様です。